Der Fleckenkauz ist aufgrund mehrerer Faktoren gefährdet:
- Verlust von Urwäldern: Holzfällerei und Bebauung zerstören lebenswichtige Nist- und Ruhehabitate.
- Habitatfragmentierung: Verbleibende Waldstücke werden isoliert, was die Partnersuche erschwert und die genetische Vielfalt verringert.
- Konkurrenz durch die Waldkäuze: Größere, aggressivere Waldkäuze konkurrieren um Nahrung und Nistplätze.
- Pestizide und Schadstoffe: Schädliche Substanzen können Fortpflanzung und Immunsystem beeinträchtigen.
- Klimawandel: Steigende Temperaturen, Dürre und Waldbrände degradieren den Lebensraum weiter.