Ja, Weißkopfseeadler haben mehrere natürliche Fressfeinde, darunter andere Greifvögel, große fleischfressende Säugetiere und einige Reptilien. Goldadler, Uhus, Habichtskäuze und Rotschwanzbussarde können Weißkopfseeadler angreifen. Bären, Wölfe, Kojoten und Berglöwen können Eier, Küken oder adulte Vögel angreifen. Große Schlangen und Alligatoren können Eier und Küken in der Nähe von Wasser erbeuten.
Jedoch sind menschengemachte Bedrohungen wie Lebensraumzerstörung, Jagd und Umweltverschmutzung erheblich. Schutzbemühungen und gesetzliche Schutzmaßnahmen sind entscheidend für den Erhalt der Weißkopfseeadlerpopulationen.