Weißkopfseeadler legen Eier, meist weiß oder blassblau, in ein hoch in einem Baum gebautes Nest. Die Eier werden etwa 35 Tage bebrütet. Beim Schlüpfen sind die Adlerküken mit weißem Dunengefieder bedeckt und hilflos, auf Eltern für Nahrung und Schutz angewiesen. Sie wachsen schnell und beginnen mit etwa 10 Wochen das Fliegen zu lernen, verlassen das Nest mit rund 3 Monaten.