Die Population des Wüstenbandikutus ist schwer zu schätzen aufgrund seiner verschwiegenen Natur und den Herausforderungen bei der Untersuchung seines ariden, abgelegenen Lebensraums. Forschungs- und Schutzbemühungen deuten darauf hin:
- Lebensraumverlust und -fragmentierung: Die Umwandlung von Buckelgrasland und Sandflächen in Landwirtschaft, Urbanisierung und Bergbau hat die Art schwer beeinträchtigt.
- Eingeschränkte Verbreitung: Hauptsächlich in ariden Regionen von Western Australia und dem Northern Territory zu finden, was sie anfällig für Bedrohungen macht.
- Prädation und Konkurrenz: Wildkatzen und Füchse jagen sie, während Kaninchen und Kamele um Nahrung und Ressourcen konkurrieren.
- Schutzbemühungen: Schutzgebiete, Prädatorenkontrolle, Lebensraumrestaurierung und Gemeindeaufklärung sind im Gange.
Populationsschätzungen reichen von einigen hundert bis zu mehreren tausend Individuen, abhängig vom Untersuchungsgebiet, aber diese repräsentieren möglicherweise nicht das gesamte Verbreitungsgebiet. Der Wüstenbandikutus wird von der IUCN als „gefährdet“ gelistet.