Mögliche natürliche Feinde des Java-Nashorns sind Tiger, Leoparden, Krokodile, Bären und Hyänen. Menschliche Bedrohungen sind jedoch weitaus bedeutsamer. Java-Nashörner werden wegen Fleisch, Haut und Hörnern, die in der traditionellen Medizin verwendet werden, gejagt. Lebensraumverlust durch Holzabbau, Landwirtschaft und Entwicklung entfernt ihre tropischen Regenwaldheime. Wilderei wegen Hörnern, die auf dem Schwarzmarkt verkauft werden, bleibt eine kritische Gefahr.
Das Java-Nashorn ist eine der am stärksten gefährdeten Arten der Welt, von der nach Schätzungen nur etwa 67 Individuen in freier Wildbahn übrig sind.