Die Alpen-Wollratte ist gefährdet aufgrund von Lebensraumverlust und -fragmentierung in ihrer alpinen und subalpinen Waldumwelt, verursacht durch Entwaldung und Klimawandel. Eingeführte nicht-heimische Raubtiere wie verwilderte Katzen, Hunde und Wiesel setzen der Population zu. Krankheiten können sich schnell unter Ratten ausbreiten, und Jagd wegen Pelz und Fleisch reduziert ihre Zahlen weiter.