Blaufußtölpel haben mehrere natürliche Feinde. Andere Seevögel wie Fregattvögel, Raubmöwen und Möwen jagen Küken und Eier. Haie, Robben, Seelöwen und Delfine können sie angreifen, während sie schwimmen oder tauchen. Menschen stellen ebenfalls eine Bedrohung durch Jagd nach Federn oder Fleisch dar.