Die genaue Populationsgröße des Napoleonfisches ist unbekannt, aber Wissenschaftler sind sich einig, dass seine Zahlen sinken. Die Internationale Union zur Bewahrung der Natur (IUCN) hat die Art als „Stark gefährdet“ eingestuft, hauptsächlich aufgrund von Überfischung und Lebensraumdegradation. Ohne gezielte Schutzmaßnahmen steht dieser ikonische Riff-Fisch einer ungewissen Zukunft gegenüber.