Die Unterscheidung zwischen männlichem und weiblichem Fohlen erfolgt durch Beobachtung körperlicher Merkmale und Anatomie.
Männlich: Hengstfohlen (Colt)
Colts sind meist größer und schwerer als Weibchen, mit dickerem Hals und breiterer Brust. Der Hodensack ist hinter dem Penis sichtbar.
Weiblich: Stutfohlen (Filly)
Fillies sind typischerweise kleiner und leichter, mit dünnerem Hals und schmalerer Brust. Das Euter ist zwischen den Hinterbeinen sichtbar.
Für eine definitive Identifikation, besonders bei sehr jungen Fohlen, kann ein Tierarzt eine körperliche Untersuchung durchführen.