Seepferdchen haben viele Fressfeinde, darunter Thunfisch, Schwertfisch, Haie, Delfine, Rochen, Robben, Vögel, Krabben, Garnelen, Hummer, Oktopusse, Meeräsche, Zackenbarsch, Barrakuda, Kugelfische, Doktorfische, Aalen, Schollen und Quallen. Fressfeinde zielen auf sie aufgrund ihrer geringen Größe und begrenzten Fähigkeit, sich zu verstecken oder zu verteidigen. Der illegale Aquarienhandel bedroht ebenfalls Populationen. Die Küstenentwicklung zerstört flache Lebensräume und stört Nahrungsketten. Schutzbemühungen sind für das Überleben von Seepferdchen zunehmend kritisch.