Einige potenziell tödliche Hundewürmer werden in Kotproben nicht gefunden, obwohl Kotuntersuchungen Teil der Routineuntersuchung sein sollten. Viele Hundewürmer leben in anderen Organen als dem Verdauungssystem. Wenn die Würmer ihre Eier freisetzen, gelangen diese oft in Blut, Tränen oder Urin statt in den Kot, so das „Dog Owner's Home Veterinary Handbook“.
Herzwürmer
Herzwürmer können für Hunde tödlich sein. Sie wandern im Blutstrom, gelangen erst in die Lunge, dann ins Herz (American Heartworm Society). Nur Bluttests können adulte oder juvenile Herzwürmer (Mikrofilarien) nachweisen. Kottests funktionieren nicht. Medikamente gegen Mikrofilarien töten keine adulten Herzwürmer, und Adultizide töten keine Mikrofilarien. Deshalb erhalten Hunde vor Beginn einer Mikrofilarien-Prophylaxe einen Bluttest auf adulte Herzwürmer.
Nierenwürmer
Mehrere Arten winziger Würmer können die Nieren des Hundes befallen. Die häufigsten sind Capillaria plica und Dioctophyma renale, so Tierärztin Bari Spielman (PetPlace.com). Hunde infizieren sich durch Fressen von Regenwürmern, Fröschen oder Fischen, die bereits befallen sind. Da die Würmer im Urogenitalsystem leben, legen sie ihre Eier in den Urin, nicht in den Kot. Eier erscheinen im Urin, nicht im Kot.
Augenwürmer
Thelazia californiensis ist ein 1–2 cm langer Wurm, der in den Tränenkanälen des Hundes lebt. Er setzt seine Eier in die Tränen frei, die von Fluginsekten (Fliegen) aufgenommen werden – so gelangen die Eier nie in den Kot. Die Eier schlüpfen im Insekt und entwickeln sich zu Larven. Trinkt das Insekt an einem anderen Hund Gesicht, krabbeln die Larven in die Augen. Diese Würmer können chronische Konjunktivitis oder andere Augenentzündungen verursachen. Diagnose ist schwierig, aber die Untersuchung der Tränen sollte Eier dieses Wurms zeigen.
Peitschenwürmer
Eine Wurmfamilie, die Peitschenwürmer, legt zwar Eier in den Kot, diese sind aber selbst für erfahrene Tierärzte extrem schwer zu finden („Dog Owner's Home Veterinary Handbook“). Mehrere Kotproben können eifrei bleiben. Zur Diagnose schauen Tierärzte oft auf den charakteristischen Schleim-blutigen Durchfall. Unbehandelte Hunde verlieren Gewicht und werden anämisch. Mehrere verschreibungspflichtige Entwurmungsmittel töten Peitschenwürmer und andere Wurmarten.