Die San Francisco Bay Area beherbergt viele einheimische Tiere:
Säugetiere
- Kaliforniischer Seelöwe, Grauwal, Seehund, Kalifornisches Erdhörnchen, Schwarzwedelhirsch, Kojote, Berglöwe, Rotluchs, Dachs, Westliches Grauhörnchen.
Vögel
- Kaliforniemöwe, Braunpelikan, Graureiher, Steinadler, Wanderfalke, Kalifornische Wachtel, Annakolibri, Rotschwanzbussard.
Reptilien und Amphibien
- Westliche Zauneidechse, Kalifornischer Rotschenkel-Frosch, Baumsalamander, Westliche Sumpfschildkröte.
Fische
- Streifenbarsch, Chinook-Lachs, Coho-Lachs, Steelhead-Forelle.
Wirbellose
- Monarchfalter, Marienkäfer, Honigbiene, Westlicher Tiger-Schwärmer.
Die vielfältigen Lebensräume machen die Bay Area zu einem Paradies für Wildtiere.