Mehrere Hauptunterschiede unterscheiden Knochenfische von Knorpeligen Fischen:
1. Skelett: Knochenfische haben Skelette aus Knochen; knorpelige Fische haben Skelette aus Knorpel.
2. Schuppen: Knochenfische haben knöcherne oder modifizierte knöcherne Schuppen; knorpelige Fische haben Placoidschuppen, kleine, zahnähnliche Strukturen, die in der Haut eingebettet sind.
3. Flossen: Knochenfischflossen werden von knöchernen Strahlen gestützt; knorpelige Fischflossen werden von knorpeligen Strahlen gestützt.
4. Kiemen: Knochenfischkiemen werden von einem knöchernen Operculum bedeckt; knorpelige Fischkiemen haben kein Operculum.
5. Zähne: Knochenfischzähne befinden sich in den Kiefern; knorpelige Fischzähne befinden sich auf den Kiefern und Kiemenbögen.
6. Augen: Knochenfischaugen befinden sich an den Seiten des Kopfes; knorpelige Fischaugen befinden sich auf dem Kopf.
7. Nasenlöcher: Knochenfische haben zwei Nasenlöcher; knorpelige Fische haben eines.
8. Spirakeln: Knochenfische haben keine Spirakeln; knorpelige Fische haben Spirakeln auf dem Kopf zur Wasseraufnahme.
9. Schwanzflosse: Knochenfische haben symmetrische Schwanzflossen; knorpelige Fische haben asymmetrische Schwanzflossen.