Seepferdchen haben kleine Mäuler und spezielle Schnauzen zum Einsaugen von Nahrung. Sie sind Fleischfresser, die hauptsächlich kleine Krebstiere wie Artemia, Mysis-Garnelen und Amphipoden fressen. Manche Arten fressen möglicherweise auch kleine Fische wie Grundeln oder Pfeifenfische.
Die Fütterungshäufigkeit variiert je nach Art und Größe. Erwachsene fressen in der Regel mehrmals täglich, während jüngere Seepferdchen möglicherweise häufiger fressen müssen. Sie sind Lauerjäger, die bewegungslos verharren und auf Beute warten, bevor sie zuschlagen. Sie verankern sich mit ihren greifenden Schwänzen und können die Augen unabhängig bewegen.
In Gefangenschaft werden lebende oder gefrorene Beutetiere empfohlen, die ihrer natürlichen Nahrung ähneln, zusammen mit guter Wasserqualität und Umweltbedingungen.