Meerneunaugen haben mehrere natürliche Fressfeinde in den Ökosystemen, in denen sie vorkommen. Raubfische, die sie fressen, sind Seeforelle, Coregonus, Hecht, Muskellunge und Zander.
Vögel jagen ebenfalls Meerneunaugen. Möwen, Seeschwalben und Kormorane sind dafür bekannt, sie zu fangen und zu fressen, insbesondere in flachen Gewässern oder während der Laichwanderungen.
Zusätzlich zu Fressfeinden werden Meerneunaugen von verschiedenen Parasiten und Krankheiten beeinflusst, die ihre Gesundheit und Überlebensraten beeinflussen können.