Das Knysna-Seepferdchen ist gefährdet aufgrund von:
- Überfischung: als Beifang ohne artspezifische Vorschriften gefangen.
- Lebensraumdegradation: Küstenbebauung, Verschmutzung und Veränderung von Mangroven zerstören Brutgründe.
- Langsame Fortpflanzung: Männchen tragen Eier, und Störungen während dieser Phase reduzieren den Erfolg.
- Aquarienhandel: nicht nachhaltige Sammlung dezimiert wilde Populationen.
- Klimawandel: wärmende Meere und Versauerung beeinflussen Lebensräume und Beute.
- Begrenztes Verbreitungsgebiet: ein kleines Verbreitungsgebiet entlang der südafrikanischen Südküste erhöht die Anfälligkeit.