Das morphologische Artenkonzept hat mehrere Einschränkungen. Einer der größten Nachteile ist, dass es nicht auf Organismen angewendet werden kann, die sich ungeschlechtlich fortpflanzen. Da ungeschlechtliche Organismen keine unterschiedlichen Geschlechter und die Fortpflanzungsbarrieren haben, die geschlechtliche Arten trennen, kann es schwierig zu bestimmen sein, was eine Art ausmacht. Folglich ist das morphologische Artenkonzept nicht immer nützlich für die Klassifizierung ungeschlechtlicher Organismen.