Borneo's nicht-lebendige Komponenten umfassen:
- Gesteine und Mineralien: alte Glimmerschiefer und Gneise, plus Kohle, Gold, Kupfer und Diamanten.
- Höhlen: ausgedehnte Kalksteinsysteme wie die Mulu-Höhlen, Heimat der Sarawak-Kammer.
- Strände und Sand: Küstenlinien entlang des Südchinesischen, Sulu- und Sulawesimeeres mit verschiedenen Sandarten.
- Boden: verschiedene Böden von sauren Torfmoorböden bis zu fruchtbaren Vulkanböden.
- Gewässer: Meere, Korallenriffe, Mangroven und Flüsse wie der Kapuas und Rajang.