Seekühe urinieren und defäkieren unter Wasser. Urin wird aus einer urogenitalen Öffnung abgegeben, während Kot aus einer Analöffnung ausgeschieden wird. Seekühe haben keine Blase, daher müssen sie ständig Urin produzieren, um Dehydrierung zu vermeiden. Ihr Kot besteht aus Pflanzenmaterial, Algen und wirbellosen Tieren. Seekühe defäkieren normalerweise einmal täglich, können aber häufiger defäkieren, wenn sie viel Nahrung zu sich nehmen.