Amazonas-Manatis sind Pflanzenfresser, die hauptsächlich Wasserpflanzen wie Wasserhyazinthe, Wassersalat und Amazonas-Schwertpflanze verzehren. Sie fressen auch Algen und Biofilme auf untergetauchten Oberflächen und gelegentlich Früchte und Blätter, die ins Wasser fallen. Sie können opportunistisch Fische, Krebstiere oder Aas verzehren, obwohl dies keine üblichen Präferenzen sind. Manatis sind langsam und müssen große Mengen an Pflanzen fressen, manchmal bis zu acht Stunden am Tag, um ihr Körpergewicht zu halten.