Obwohl Schwarze Kaimane in ihrer Umgebung Spitzenprädatoren sind, haben sie einige Feinde, wenngleich wenige:
- Größere Kaimane: Adulte Schwarze Kaimane können von größeren Artgenossen erbeutet werden.
- Jaguare: Erbeuten gelegentlich adulte Schwarze Kaimane.
- Anakondas: Große Grüne Anakondas können adulte Schwarze Kaimane töten und fressen.
- Menschen: Wilderei wegen Leder und Fleisch.
Beutegreifung auf adulte Schwarze Kaimane ist selten, da sie kräftig und gut verteidigungsfähig sind.