Jaguare gehen aufgrund der illegalen Jagd wegen ihres Fells und ihrer Körperteile zurück, die auf dem Schwarzmarkt wertvoll sind. Lebensraumverlust und -fragmentierung durch Entwaldung, Landwirtschaft, Infrastruktur und städtisches Wachstum reduzieren den Raum, den Jaguare zum Streifen benötigen, und stören Fortpflanzungs- und Fressmuster.
Auch der Mensch-Wildtier-Konflikt spielt eine Rolle, da Jaguare, die Vieh reißen, von Bauern und Ranchern getötet werden können. Der Klimawandel verändert Lebensräume und die Beuteverfügbarkeit, während die relativ geringe genetische Vielfalt Jaguare anfälliger für Krankheiten und Umweltveränderungen macht.