Hypohippus starb wahrscheinlich aufgrund von Konkurrenz und sich veränderndem Klima aus. Neuere Pflanzenfresser wie Hirsche und Antilopen waren besser an entstehende Grasländer angepasst und verdrängten Hypohippus bei der Nahrungssuche. Als Wälder offenen Grasländern wichen, wurden die waldangepassten Zähne und Hufe von Hypohippus weniger vorteilhaft, was zu seinem Niedergang beitrug.