Eichhörnchenäffchen sind klein und wendig, was sie zu Zielen für eine Vielzahl von Raubtieren macht. Tiere, die Eichhörnchenäffchen fressen, sind:
Greifvögel: Harpyien, Habichte und Eulen, besonders für junge Affen.
Schlangen: Große Schlangen wie Boa Constrictors und Anakondas.
Großkatzen: Jaguare und Ozelots im Amazonas-Regenwald.
Andere Säugetiere: Pumas, Jaguare und sogar große Affen wie Kapuzineraffen.
Raubtier variieren je nach Standort und Ökosystem, da Eichhörnchenäffchen hauptsächlich im Amazonas-Regenwald und anderen tropischen Regionen Südamerikas vorkommen.