Affen verfolgen ihren Ursprung in der Primatenentwicklung. Vor etwa 60–80 Millionen Jahren während des Eozäns entwickelten sich kleine baumbewohnende Säugetiere, sogenannte Prosimien. Im Laufe der Zeit entwickelten einige spezialisierte Anpassungen wie Daumen, binokulares Sehen und verbesserte Kognition, was zu den ersten echten Affen führte.
Die ältesten bekannten Affenfossilien sind 40–50 Millionen Jahre alt und werden in Afrika und Asien gefunden. Diese kleinen, baumbewohnenden Affen diversifizierten und verbreiteten sich weltweit, einschließlich nach Südamerika.
Heute ist die vielfältigste Affengruppe in der Neuen Welt (Mittel- und Südamerika) anzutreffen, gekennzeichnet durch breite Nasenlöcher und bei einigen Arten greifende Schwänze. Beispiele sind Kapuziner-, Spinnen- und Brüllaffen. Altweltaffen leben in Afrika und Asien, haben schmale Nasenlöcher und nicht greifende Schwänze und umfassen Paviane, Makaken und Stummelaffen.
Über Millionen von Jahren passten sich Affen an verschiedene Lebensräume und ökologische Nischen an und spielten eine bedeutende Rolle in der Primatenlinie, die letztlich zu den Menschen führte.