Eichhörnchenäffchen sind Allesfresser mit einer abwechslungsreichen Ernährung. Sie fressen hauptsächlich Früchte wie Bananen, Beeren und Feigen. Sie konsumieren auch Insekten, kleine Wirbeltiere, Vogeleier, Blüten, Knospen, Blätter, Nektar, Pollen, Nüsse und Samen.
In einigen Regionen plündern Eichhörnchenäffchen Ernten, insbesondere Bananen, was sie in landwirtschaftlichen Gebieten zu Schädlingen machen kann.