Der Lacandon-Dschungel beherbergt eine reiche Vielfalt an Wildtieren, darunter:
Säugetiere: Jaguare, Pumas, Ozelots, Margays, Jaguarundis, Neunbinden-Gürteltiere, Weißlippenpekari, Halsbandpekari, Mexikanische Spinnenaffen, Brüllaffen und Kapuzineraffen.
Vögel: Ara, Große Häherkuckuckse, Keelbülltukane, Smaragd-Tukanen, Rosenthal-Tangaren, Blau-gold-Tangaren, Rotbrauen-Zaunkönige, Nordjakanas, Bootsschnabelreiher und Silberreiher.
Reptilien: Grüne Leguane, Stachelschwanzleguane, Amerikanische Krokodile, Morelet-Krokodile, Rotfußschildkröten, Braunbasilisken, Mexikanische Perlenechsen, Scharlach-Königsnattern und Fer-de-Lance-Ottern.
Amphibien: Rotaugenlaubfrösche, Smilisca baudinii, Mexikanische Grünfrösche, Bromelien-Laubfrösche, Maya-Bachfrösche und Ochsenfrösche.