Zwergpinguine stehen vor Fressfeinden wie Haien, Robben, Seelöwen und Greifvögeln. Sie sind auch bedroht durch Lebensraumverlust, Krankheiten und menschliche Störungen durch Bootsfahrt, Angeln und Schwimmen.
Diese Belastungen können Stress, Verletzungen und Populationsrückgang verursachen.